微生物肥料还有一些其它肥料没有的特殊作用。现简介如下：




提高化肥利用率




随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能土壤及作物品质，减少污染。




绿色食品生产




随着生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在发展绿色农业生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用它要求肥料首先保护和施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对环境无影响。微生物肥料基本符合以上三原则。我国已用具有特殊功能的菌种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够农产品的品质。




环保




利用微生物的特定功能城市生活垃圾及农废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的途径。已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料(菌种剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种物料进行堆制，以过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。